Phần mềm tính band điện di

      3
Xét nghiệm sinh hóaXét nghiệm máu họcXét nghiệm đông máu - miễn dịchXét nghiệm thủy dịch - vi sinhXét nghiệm di truyền & SHPT
*

*

*

*

*

Nhóm thiết bị làm cho lạnhNhóm thiết bị làm nóngNhóm trang bị cơ họcNội thất chống thí nghiệmCân/pH/Lọc/Pipet/Bơm...

Bạn đang xem: Phần mềm tính band điện di


Hóa hóa học cơ bản/phân tíchHóa chất sinh họcSinh phẩm xét nghiệmPipet/Vật bốn tiêu haoHóa hóa học sinh học tập phân tử
Các nghệ thuật phân tíchCác kỹ thuật rước mẫuPhân một số loại môi trườngCác dự án môi trường xung quanh - bàn giao công nghệMôi trường cùng cuộc sống
nhatroso.com

Nếu bạn quan sát những băng trên phiên bản Western blot thì thường nhìn thấy các làn bao gồm thể có tương đối nhiều hoặc không nhiều protein đối với làn khác. Nhưng không hẳn luôn dễ ợt để so sánh hai băng bởi mắt thường xuyên một cách bao gồm xác. Rộng nữa, vẻ vẻ ngoài có thể đánh lừa chúng ta. Ví như nếu làn năng lượng điện di không gọn hoặc băng bị cong lúc chạy gel, băng protein nặng hoàn toàn có thể sẽ thấy mờ, nhạt.

Đó là dịp mà phần mềm hình ảnh có thể giúp đỡ bạn bằng phương pháp đo mật độ của một băng. Chỉ cần vẽ một khung xung quanh băng của bạn, lịch trình sẽ cho bạn biết mật độ điểm ảnh (pixel density). Một số chương trình làm được không ít thứ hơn, chẳng hạn như xác định số trùng lạc bên trên đĩa petri hoặc độ mạnh của biểu hiện huỳnh quang từ khay 96 giếng.

Sự lựa chọn phần mềm phân tích hình ảnh cho các nhà nghiên cứu rất nhiều dạng, từ phần mềm miễn phí hoàn toàn có thể làm câu hỏi với ngẫu nhiên loại ảnh nào cho tới các chương trình thông minh hoặc đặc thù cho khối hệ thống máy chụp ảnh. Không y như Photoshop hay ứng dụng chỉnh sửa hình ảnh nói chung, những chương trình chuyên được sự dụng này thông thường có thể auto phát hiện địa điểm làn năng lượng điện di bắt đầu và kết thúc cũng như tổng vừa lòng thông tin từ khá nhiều băng. Phần mềm chuyên được dùng cũng có thể loại bỏ biểu thị nền (background signal) bởi nhiều tại sao như liên kết không quánh hiệu của các kháng thể trên bạn dạng lai (blot) hoặc phơi sáng quá mức cần thiết khi chụp ảnh.

Một yếu ớt tố đặc trưng cần xem xét là định dạng file phần mềm hoàn toàn có thể xử lý. Tất cả những ứng dụng sử dụng format độc quyền liên quan đến hệ thống hình ảnh của công ty sản xuất, trong những lúc cũng có tương đối nhiều phần mềm gật đầu đồng ý file có định dạng thông dụng như JPEG hoặc BMP. Một số trong những nhà phân tích thích thao tác làm việc với format file TIFFs do năng lực giữ lại nguyên vẹn những thông tin của hình ảnh. Các định dạng khác như JPEG nén kích thước file ảnh lại và hoàn toàn có thể làm mất vài tin tức quan trọng. Bất kỳ phần mượt hình hình ảnh nào cũng cần lưu file ở dạng nơi bắt đầu (raw file) và lưu lại các biến đổi mà người tiêu dùng tạo ra. Khi chào làng nghiên cứu, bạn sẽ cần những thông tin đó.

Đối với những người tiêu dùng nhất định tại Mỹ, chẳng hạn tựa như các người cung ứng dược phẩm, Cơ quan quản lý Thực phẩm và chế tác sinh học (FDA) yêu ước họ cần có một quá trình dữ liệu hoàn chỉnh. Điều này quan trọng đặc biệt quan trọng so với sản xuất thuốc và kiểm soát unique nên một vài phòng phân tách lâm sàng hoàn toàn có thể muốn có thêm các lớp bảo đảm an toàn thông qua các bạn dạng ghi (record) và mật khẩu (password).

Đơn giản tốt nhất là thao tác làm việc với phần mềm đi kèm theo với hệ thống chụp ảnh của bạn. Đối với các nhà nghiên cứu và phân tích muốn gồm có tùy chọn khác để tương xứng với nhu cầu, có thể tham khảo 5 ứng dụng phân tích hình hình ảnh sau.

1. IMAGEJ

*

Phần mềm nguồn mở ImageJ được trở nên tân tiến tại Viện Y tế tổ quốc Mỹ (NIH) và được cách tân bởi nhiều người dân dùng. Phó gs Corentin Cras-Méneur trên Đại học Y Michigan review cao sự linh hoạt của ImageJ: "Đó là 1 phần mềm nhiều chức năng. Cùng với ImageJ tôi có thể phân tích Western blots, tôi hoàn toàn có thể định lượng biểu lộ từ kính hiển vi huỳnh quang, và cũng hoàn toàn có thể kiểm rà soát kính hiển vi... Bất kể điều gì chúng ta có thể nghĩ đến."

Với đa phần người dùng, ImageJ cơ bản là đủ để phân tích băng trên bạn dạng gel hoặc Western blots. Nhưng so với những người ao ước phân tích nhiều hơn, rất có thể sử dụng các ứng dụng mở rộng lớn (plug-in) và fan biết lập trình ngữ điệu Java có thể tạo ra những plug-in hoặc macro. Ví dụ, Cras-Méneur thực hiện một plug-in phân tích bộc lộ nền khác nhau giữa những hình hình ảnh và loại bỏ cho phù hợp, thay bởi vì giả định biểu hiện nền là đồng nhất.

Ưu điểm

Linh hoạt, hoàn toàn có thể mở rộng nhân tài bằng những plug-in

Hỗ trợ hình hình ảnh chồng lên nhau, ví dụ như như các hình ảnh thu được từ một chuỗi mức độ khác biệt chụp do kính hiển vi đồng tiêu (confocal microscope).

Nhược điểm

ImageJ không được thiết kế đặc biệt mang lại phân tích gel hoặc blot. Tuy nhiên nhiều câu hỏi thông thường xuyên được trả lời trong các diễn bọn trực tuyến, nhưng người dùng mới không có cung ứng kỹ thuật (qua năng lượng điện thoại) từ bỏ nhà phát triển phần mềm.

ImageJ sử dụng một kích thước hộp (khung lựa chọn) độc nhất vô nhị cho tất cả các băng trên gel, trong khi một trong những phần mềm như Image Studio (xem bên dưới đây) mang lại phép cấu hình thiết lập kích thước này.

Một số người dùng cho thấy kết quả ImageJ không tương xứng với mọi gì họ quan sát bằng mắt, ví dụ họ thấy một băng tối hơn, nhưng con số đưa ra từ ứng dụng lại không phản ảnh điều đó.

2. IMAGE STUDIO

*

Phần mềm Image Studio kèm theo với các công cụ hình ảnh của LI-COR Biosciences, nhưng bất kể nhà khoa học nào cũng có thể tải về phiên bản rút gọn (Lite version). Đó là một trong những phần mềm tương tự, tuy vậy thiếu kỹ năng điều khiển thứ ảnh.

Xem thêm: Chạy Nhiều Phiên Bản Phần Mềm Trên Máy Tính, Chạy 2 Ứng Dụng Giống Nhau Trên Pc

Theo Jeff Harford, người đứng đầu tiếp thị sản phẩm cao cấp của LI-COR thì phần nhiều người dùng sử dụng rộng rãi với phiên phiên bản Lite. Tuy nhiên, LI-COR cũng bán những tính năng tùy chọn bổ sung như: phân tích hình ảnh Westerns tất cả hai màu sắc hoặc Westerns vào tế bào (in-cell Westerns); phương tiện chụp hình ảnh động vật được cho phép người dùng vẽ xung quanh đối tượng người sử dụng như khối u hoặc cơ quan; chính sách phân tích khay nhiều giếng.

Ưu điểm

Giao diện dễ làm quen và sử dụng do có nét tương tự như như Microsoft Word hoặc Excel.

Có thể sắp xếp file dựa vào các thông số như ngày chụp ảnh, một số loại phân tích, kênh màu sắc huỳnh quang đãng được sử dụng, vì đó thuận lợi để kiếm tìm lại hình ảnh cũ.

Có thể tùy chỉnh cấu hình các hộp bao phủ mỗi băng cho phù hợp.

Nhược điểm

Phần mềm này nhà yếu tập trung vào duy nhất vài các loại phân tích. Các nhà khoa học ước ao dùng các tác dụng khác như đếm khuẩn lạc hoặc so với hình hình ảnh kính hiển vi vẫn hoàn toàn có thể làm điều ấy với Image Studio nhưng chắc rằng nên tìm các phần mềm chuyên được sự dụng hơn.

Hướng dẫn của ứng dụng có định dạng đoạn phim không nhanh và luôn thể như dạng văn bản.

3. IMAGE LAB

*

Hệ thống hình hình ảnh của Bio-Rad như Gel Doc hoặc ChemiDoc đi kèm theo với phần mềm Image Lab. Các nhà nghiên cứu rất có thể sử dụng Image Lab để tinh chỉnh máy cùng phân tích tài liệu ngay tại khu vực hoặc chuyển những tập tin vào laptop để phân tích. Phiên phiên bản mới độc nhất của ứng dụng có tính năng dùng màn hình cảm ứng và điều khiển ChemiDoc Touch. Image Lab hỗ trợ rất các tính năng: chú thích băng, đối chiếu với thang chuẩn…

Ưu điểm

Dễ dàng cấu hình thiết lập máy ảnh theo nhu cầu, tự động hóa điền các thông số kỹ thuật như cỗ lọc cần thiết cho Western blot hoặc nhuộm Ponceau.

Có thể thực hiện "chuẩn hóa protein tổng số", đối chiếu băng đon đả với tổng lượng protein trong những làn năng lượng điện di, căn cứ trên tín hiệu đánh dấu như nhuộm Ponceau. Điều này đúng mực hơn so với phương thức thông thường xuyên là lưu lại protein quản ngại gia như actin để chuẩn hóa lượng protein. Tác dụng đưa ra là một xác suất giữa cường độ bộc lộ của băng thân mật trên tổng lượng protein vào một làn điện di.

Tự cồn trừ bộc lộ nền bao bọc mỗi băng, cố gắng vì áp dụng một giá trị dấu hiệu nền duy nhất.

Nhược điểm

Người dùng gồm thể bối rối vì có vô số tính năng.

Tự hễ phát hiện nay làn điện di ko tốt, nhưng Bio-Rad đang lên kế hoạch để nâng cấp tính năng này.

Image Lab áp dụng định dạng tệp tin SCN độc quyền của Bio-Rad. Tuy nhiên người dùng rất có thể thực hiện một số trong những phân tích cơ bạn dạng với định hình TIFFs cũng tương tự xuất tệp tin TIFFs nhằm sử dụng trong các chương trình khác. Bio-Rad đang chăm chú việc áp dụng định dạng file thịnh hành hơn nhưng cụ thể là bạn dùng không tồn tại máy chụp hình ảnh của Bio-Rad sẽ không còn nhận được nhiều lợi ích từ phần mềm này.